The Rotten Tree é uma música sobre a reflexão sobre como as experiências na infância e as pressões da sociedade podem levar a dificuldades na vida adulta: doenças mentais, problemas corporais, ódio de si mesmo etc.
O videoclipe apresenta muitas imagens sombrias e cruas, enquanto apresenta arte de pintura corporal para transformar o corpo em emoções internas e as sombras vêm à tona.